Когда-то Томас и Тереза были сотрудниками корпорации ПОРОК, но сами оказались участниками эксперимента. Группа ребят жила в эпицентре жуткого лабиринта, ворота его открывались днем и закрывались на ночь. Никто не помнил, как он здесь очутился, но стремился выжить. Самые быстрые - бегуны, ежедневно пробегали по маршруту, пытаясь отыскать выход и остерегаясь жутких тварей, но так и не приблизились к успеху. Понемногу Томас начал вспоминать прошлое и помог остальным ребятам найти дверь на другой уровень. Так они узнали, что являются подопытными членами компании, ищущей вакцину от страшной эпидемии. 

Оказавшись на базе, подростки не чувствовали себя в безопасности, и чутье их не подвело - над ними продолжали вести опыты, и выжившим пришлось вновь бежать и скрываться от членов исследовательской лаборатории. Таинственная Правая рука борется с ней, и отважные герои поспешили на поиски. Ежедневно они ведут ожесточенную борьбу за выживание, к Томасу присоединяются все больше товарищей, пытающихся выяснить свое предназначение и изменить судьбу остальных. В заключительной серии трилогии парень найдет лекарство от Вспышки, погубившей человечество, но не было ли все задумано ранее?